余氯

醋酸纤维膜要求给水中含有残余氯，可防止细菌滋生，但含氯量过高会破坏膜，允许连续余氯的含量为1毫克/升。
复合膜抗氯性差，一般不允许余氯，采用加氯杀菌后，需加亚硫酸氢钠或经活性炭过滤消除余氯。
使用压力硫酸氢钠除余氯的反应如下：
      Na2S2O5+ H2O→NaHSO3                       NaHSO3+HCLO→HCL+NaHSO4    

理论上1.34公斤的Na2S2O5可以去除1公斤余氯，但在有溶解氧的情况下，对苦咸水去除1公斤余氯需投加3公斤Na2S2O5。Na2S2O5在干爽条件下储存，有效期为4-6个月，溶液的有效期与浓度变化有关。
溶液浓度（重量%） 2%    10%    20%    30%
有效期                3天   1星期   1月     6月

铁

当RO给水在进行氯化及脱氯过程中，或在水中溶解氧含量高于5毫克/升时水中的2价铁离子转化为3价铁离子，生成不溶于水的胶体物质，对反渗透造成污染。即使水中SDI值小于5、铁离子含量小于0.1毫克/升，仍可能发生铁的污染问题。
铁的氧化速度取决于铁含量、水中的溶解氧浓度和PH值，其关系如下：
氧含量（毫克/升）  PH   允许铁含量（毫克/升）
        <0.5                   <6.0         4.0
        0.5-5                  6-7           0.5
        5-10                   >7.0         0.05
降低RO给水中铁的含量可以采用曝气-锰砂过滤的方法完成。

硅

浓水中不允许析出SiO2，当SiO2过饱和则可能聚合而形成不溶解的胶体硅或有机硅胶而引起结垢。

纯水25℃时，无定形硅的溶解度约为100毫克/升（以SiO2计），溶解度随温度呈直线变化，在0℃时为0，到40℃时为160毫克/升。在中性溶液中，溶解的只有硅酸；在碱性溶液中，无定形硅的溶解度较大。溶液中除铝之外，其余各种离子均不会影响二氧化硅的溶解度。

注：许多运行的RO装置浓水中的二氧化硅超过文献中的极限浓度，但并未析出二氧化硅；确定是否需要控制二氧化硅结垢，可根据文献数据中的SiO2与浓水流中的SiO2进行比较，如果浓水中的数值小于文献规定数值则不会结垢。控制系统回收率是主要的防止结垢的方法，靠降低系统回收率使浓水中的SiO2降低。采用石灰软化，可降低给水中50%的SiO2。温度控制：因无定形SiO2的溶解度取决于温度。发现可能出现了硅垢，必须立即清洗，硅垢一旦形成极难去除。

有机物、油和脂

水中的有机物对RO膜的影响复杂，有些有机物对膜的影响不大，而另一些则可能造成膜的有机物污染。一般来说当水中的TOC含量超过3毫克/升时，即应考虑进行去除，对于地表水应尽量在絮凝剂澄清的过程中去除有机物，还可以采用活性炭过滤进一步降低有机物含量。

水中不允许含有油和脂，当油或脂超过0.1毫克/升时，就应采用凝聚或使用活性炭过滤器进行去除。

阻垢

必须防止CaCO3、CaSO4、SrSO4、BaSO4和CaF2垢。

膜结垢是由于给水中的微量盐在给水转化为浓水时超过了溶度积而沉淀到膜上。在苦咸水中，CaCO3、CaSO4，其他盐类SrSO4、BaSO4和CaF2需要计算来确定浓水中是否超过溶解度极限。如果微溶盐超过溶解极限，需要采取以下方法：

降低系统回收率，避免超过溶度积。

采取离子交换软化去除钙离子。

加酸去除碳酸或重碳酸离子。

加阻垢剂。